Consulta de pago de hipoteca

Buenos días, tengo una hipoteca y un préstamo personal, los pagos de dichos préstamo se hacen en la misma cuenta.
El préstamo personal ahora mismo no se esta pagando, la hipoteca si.
El problema es que yo hago los ingresos los días 1 de cada mes por ventanilla y en el justificante en papel pongo en lápiz como concepto pago hipoteca número periodo.
Hasta ahora el banco me lo aplicaba. Recibo una llamada de la Directora y me dice textualmente que para el próximo vencimiento no sabe si lo lo aplicará, me dice que se le puede olvidar, que la maquina fallen, etc.
Mi pregunta es puede hacer eso, es decir aplicarlo al otro préstamo personal pendiente a pesar de haber indicado yo para que era el ingreso?, ¿debo además de indicarlo en papel decirle al personal de turno que también quede reflejado en la maquina el ingreso para que lo quiero aplicar? Gracias, saludos.