Me han despedido estando de baja laboral y no sé si me corresponde liquidación

Primero una pequeña puntualización, en su caso no se puede hablar de despido sino de extinción de contrato, ya que su relación contractual era de substitución, y éste, tiene como objetivo sustituir a un trabajador con derecho a reserva de puesto de trabajo hasta la reincorporación del mismo.

Puntualizado lo anterior, paso a responderle su pregunta.

Como su caso es una la baja por contingencias profesionales (accidente laboral) seguirá cobrando lo mismo que le pagaban por la incapacidad transitoria antes del fin de su contrato, y hasta que le den el alta.
Cuando el médico le de el alta, usted se encontrará en situación legal de desempleo y podrá pedir la prestación por desempleo, si tiene cotizaciones suficientes para la prestación, o sino podrá solicitar un subsidio; para ello tiene 15 días hábiles para realizar los trámites en el Servicio Publico de Empleo.

Aprovechar para aclarar un concepto bastante arraigado y muy tendente a confusión; es muy frecuente asociar liquidación a indemnización. La indemnización es aquella cantidad económica legislada en los contractos por una de las causas en ellos contenidas, en función de las diferentes formas despidos, mientras que la liquidación, son los haberes salariales pendientes de cobro a la finalización de la relación laboral independientemente de su causa.

Espero haberle sido de utilidad.