Reducción horario por maternidad

Después de 9 meses de reducción de la jornada por maternidad a 4 horas, se ha dado cuenta la empresa que continuaban pagando la jornada completa (a mi hija). La empresa están estudiando de qué manera llegar a un acuerdo para subsanar dicho error (de la empresa), mi hija está de acuerdo en ir devolviendo esa cantidad, pero cual debería de ser la fórmula que cause el menor impacto en su economía ??, incluso tenía pensado en breve aumentar en 3 horas su horario laboral. Como se debe de aplicar el montante total a descontar ??, sería solo el salario, ó entran impuestos como el I.R.P.F., Seguros Sociales, etc etc. Un saludo